Medusa era una dintre cele trei gorgone (Medusa, Stheno, Euryale), monștri feminini ai lumii subterane prezenți în mitologia greacă. Medusa era descrisă ca având șerpi în loc de păr, era singură ce deținea abilitatea de a-i transforma pe oamenii care o priveau în stane de piatră. Dar există și povești care o menționează pe Medusa ca fiind tânără şi frumoasă, îndrăgostită de Perseu, fiul lui Zeus, fapt ce a atras gelozia zeiței Atena. Aceasta transformă părul lung și negru al Medusei în șerpi și face ca toate persoanele ce o priveau pe fată în ochi să fie pietrificate pe loc. Decapitarea Medusei îi conferă lui Perseu o forță deosebită în înfruntarea dușmanilor săi, care rămâneau pietrificați la vederea capului monstrului. Conform unui alt mit, însăși Medusa, privindu-se într-o oglindă, a fost pietrificată”.
Unii istorici afirmă că picturi și sculpturi înfățișând gorgonele, erau amplasate în Antichitate la intrarea în diferite monumente importante, cu rolul de a le proteja împotriva jafurilor și vandalizărilor, dar și de a înlătura spiritele rele. Iar bizantinii își decorau mânerele săbiilor cu chipul stilizat al Medusei.
Legenda spune că romanii plasau statuetele invers, astfel încât persoanele care le priveau să nu fie transformate în stane.
Basilica poate fi exploratã şi virtual într-un joc video numit „Assassin's Creed:Revelations”, care include o secțiune specială denumită „The Yerebatan Cistern”.